Um dos pontos mais polêmicos da amamentação é sobre a cárie, a informação propagada em alguns sites e blogs de que o leite materno produz cáries não condiz com a verdade. A amamentação é o ato mais importante na vida de um recém-nascido, pois além de proteger o bebê de doenças crônicas e infecciosas, também promove seu desenvolvimento sensorial e cognitivo. O açúcar do leite é um dissacarídeos (glicose e galactose), e os dissacarídeos promovem menor queda do pH no biofilme dentário quando comparado com outros monossacarídeos.
A lactose ao ser fermentada pelas bactérias não promove a produção de polissacarídeos extracelulares, ao contrário da sacarose. Ou seja, o açúcar presente no leite materno, mesmo sendo um açúcar, não é capaz de fazer com que a saliva fique ácida suficientemente para tornar o meio crítico para cárie. Valendo ressaltar ainda que na composição do leite materno há presença de cálcio e fósforo, que também está na estrutura dentária, por isso há uma quantidade maior deles na saliva, dificultando assim que o esmalte passe pelo processo de desmineralização. Quando a desmineralização acontece podem formar uma lesão cariosa.
Além disso, o leite materno contém substâncias que fortalecem o frágil sistema imunológico dos recém-nascidos. Os mais importantes são os anticorpos, imunoglobulinas, a proteína lactoferrina e a enzima lizosima, sendo que essas duas últimas ajudam a controlar o crescimento de colônias de microrganismos na boca. As cáries são causadas justamente por duas bactérias que se produzem sem controle na superfície dos dentes, esses microrganismos produzem ácidos mais rapidamente do que a capacidade do corpo de neutralizá-los que lentamente dissolvem o esmalte dentário. Quanto mais cedo essas bactérias se instalam na boca das crianças, mais grave se torna a cárie.
Recentemente saiu uma importante Cartilha da Organização Mundial de Saúde enfatizando que o aleitamento materno é fator protetor para cárie e de como os açúcares inseridos nos alimentos são os inimigos das crianças, pois além de serem fatores de risco para desenvolver a cárie, também são fatores de risco para outras doenças crônicas como diabetes, obesidade e câncer. Conforme defendida pela Organização Mundial de Saúde e pela Unicef, a amamentação é a maneira mais econômica e eficiente para combater a mortalidade infantil. Portanto, apesar de muito se falar que o leite humano é o culpado pelo surgimento da cárie da primeira infância, o leite materno não tem cariogenicidade, capacidade de iniciar o processo de desmineralização dental.